====== fastx tools ======

===== fastx_clipper =====

Ostranění adaptérové sekvence.

<code>
fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq
</code>
  * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  * -a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat.
  * -M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem,
  * -l 16 - zahodit sekvence kratší než 16

===== fastx_trimmer =====

Ostranění daného počtu bází ze začátku nebo z konce readů.

<code>
fastx_trimmer -Q 33 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq
</code>
  * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  * -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1).
  * -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat.

===== fastq_quality_filter =====

Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou.

<code>
fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq
</code>
  * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  * -q 20 - hranice kvality
  * -p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu