fastx tools

Ostranění adaptérové sekvence.

fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq

• -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
• -a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat.
• -M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem,
• -l 16 - zahodit sekvence kratší než 16

Ostranění daného počtu bází ze začátku nebo z konce readů.

fastx_trimmer -Q 33 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq

• -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
• -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1).
• -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat.

Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou.

fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq

• -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
• -q 20 - hranice kvality
• -p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu