Program slouží k analýze a následnému zhodnocení kvality readů ve formátu fastq. Lze spustit jako desktopovou aplikace nebo s parametrem - pak vytvoří html stránky s výsledkem.

fastqc soubor.fastq

Nedokumentovaný parametr -Q pro quality offset. Například pro Sanger ready:

fastqc -Q 33

• Sanger - 33
• Solexa, Illumina - 64