User Tools

Site Tools


tools:fastx_tools

fastx tools

fastx_clipper

Ostranění adaptérové sekvence.

fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq
  • -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  • -a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat.
  • -M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem,
  • -l 16 - zahodit sekvence kratší než 16

fastx_trimmer

Ostranění daného počtu bází ze začátku nebo z konce readů.

fastx_trimmer -Q 33 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq
  • -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  • -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1).
  • -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat.

fastq_quality_filter

Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou.

fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq
  • -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
  • -q 20 - hranice kvality
  • -p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu
tools/fastx_tools.txt · Last modified: 2013/03/29 10:31 by thorin