fastx_clipper
Ostranění adaptérové sekvence.
fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq
-Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
-a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat.
-M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem,
-l 16 - zahodit sekvence kratší než 16
fastx_trimmer
Ostranění daného počtu bází ze začátku nebo z konce readů.
fastx_trimmer -Q 33 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq
-Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
-f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1).
-l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat.
fastq_quality_filter
Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou.
fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq
-Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo
-q 20 - hranice kvality
-p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu