Napřed je třeba vytvořit Makefile pomocí následujícího příkazu:

gmap_setup -d <genome> [-k <kmer size>] [-D <destination directory>] <fasta_file>...

Npaříklad:

gmap_setup -d andalucia genome.fasta

Dále je třeba spustit tyto příkazy:

make -f Makefile.<genome> coords

To vytvoří soubor s mapováním contigů.

make -f Makefile.<genome> gmapdb

Vytvoří databázi pro gmap.

make -f Makefile.<genome> install

Zkopíruje databázi do adresáře uvedeného u příkazu gmap_setup pomocí parametru -D.