tools:fastx_tools
Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
|
tools:fastx_tools [2013/03/21 13:10] thorin [fastx_trimmer] |
tools:fastx_tools [2013/03/29 10:31] (current) thorin |
||
|---|---|---|---|
| Line 4: | Line 4: | ||
| Ostranění adaptérové sekvence. | Ostranění adaptérové sekvence. | ||
| + | |||
| + | <code> | ||
| + | fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq | ||
| + | </code> | ||
| + | * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo | ||
| + | * -a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat. | ||
| + | * -M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem, | ||
| + | * -l 16 - zahodit sekvence kratší než 16 | ||
| ===== fastx_trimmer ===== | ===== fastx_trimmer ===== | ||
| Line 10: | Line 18: | ||
| <code> | <code> | ||
| - | fastx_trimmer -Q 64 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq | + | fastx_trimmer -Q 33 -f 1 -l 80 -i input.fastq -o output.fastq |
| </code> | </code> | ||
| - | * -Q 64 - offset pro kvalitu | + | * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo |
| * -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1). | * -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1). | ||
| * -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat. | * -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat. | ||
| + | |||
| + | ===== fastq_quality_filter ===== | ||
| + | |||
| + | Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou. | ||
| + | |||
| + | <code> | ||
| + | fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq | ||
| + | </code> | ||
| + | * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo | ||
| + | * -q 20 - hranice kvality | ||
| + | * -p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu | ||
tools/fastx_tools.1363867834.txt.gz · Last modified: 2013/03/21 13:10 by thorin
Page Tools
