This shows you the differences between two versions of the page.
Both sides previous revision Previous revision Next revision | Previous revision | ||
tools:fastx_tools [2013/03/21 13:12] thorin [fastx_trimmer] |
tools:fastx_tools [2013/03/29 10:31] (current) thorin |
||
---|---|---|---|
Line 4: | Line 4: | ||
Ostranění adaptérové sekvence. | Ostranění adaptérové sekvence. | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | fastx_clipper -Q 33 -a ADAPTER -M 4 -l 16 -i input.fastq -o output.fastq | ||
+ | </code> | ||
+ | * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo | ||
+ | * -a ADAPTER - sekvence adaptéru, která se bude hledat a odstraňovat. | ||
+ | * -M 4 - minimální délka alignmentu začátku sekvence s adaptérem, | ||
+ | * -l 16 - zahodit sekvence kratší než 16 | ||
===== fastx_trimmer ===== | ===== fastx_trimmer ===== | ||
Line 15: | Line 23: | ||
* -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1). | * -f 1 - pořadí první báze, která se má nechat (číslováno od 1). | ||
* -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat. | * -l 80 - pořadí poslední báze, která se má nechat. | ||
+ | |||
+ | ===== fastq_quality_filter ===== | ||
+ | |||
+ | Ostranění sekvencí obsahující báze s nízkou kvalitou. | ||
+ | |||
+ | <code> | ||
+ | fastq_quality_filter -Q 33 -q 20 -p 55 -i input.fastq -o output.fastq | ||
+ | </code> | ||
+ | * -Q 33 - magický parametr, aby to fungovalo | ||
+ | * -q 20 - hranice kvality | ||
+ | * -p 55 - minimální procento bází, které musí mít -q kvalitu | ||